Federles Werk war anfangs eine Auseinandersetzung mit dem amerikanischen Abstrakten Expressionismus. Seine minimalistischen Arbeiten zeigen geometrische Formen und ihre Position und Balance in der Bildfläche.
Der Künstler selbst sieht sein Werk nicht einer Kategorie wie Minimalismus oder Konkreter Kunst zugehörig, sondern als spirituelle Sinnsuche. Federle unternahm ausgedehnte Reisen, auf denen er auch den Buddhismus kennen lernte, dem er sich verbunden fühlt.
1997 vertrat Federle die Schweiz auf der Biennale in Venedig. Von 1999 bis 2007 war er Professor für Malerei an der Kunstakademie Düsseldorf.
Federles Werke befinden sich unter anderem im Kunstmuseum Basel, der Tate Modern, London und im Centre Pompidou, Paris.
2019 präsentiert das Kunstmuseum Basel eine Einzelausstellung der Werke von Helmut Federle.